摩卡咖啡其历史要追溯到咖啡的起源。它是由意大利浓缩咖啡、巧克力酱、鲜奶油和牛奶混合而成，摩卡得名于有名的摩卡港。十五世纪，整个中东非咖啡国家向外运输业不兴盛，也门摩卡是当时红海附近主要输出一个商港，当时咖啡主要是集中到摩卡港再向外输出的非洲咖啡，都被统称摩卡咖啡。而新兴的港口虽然代替了摩卡港的地位，但是摩卡港时期摩卡咖啡的产地依然保留了下来，这些产地所产的咖啡豆，仍被称为摩卡咖啡豆。
巧克力通常会以巧克力糖浆的形式添加，但某些咖啡售卖系统便会以即溶巧克力粉取代。有时，打起了的奶油、可可粉，和棉花糖都会加在上面用来加重咖啡的香味和作为装饰之用。 和意式卡布奇诺(Cappuccino) 不一样，摩卡咖啡上面是没有鲜奶泡沫的。取而代之，摩卡咖啡上面通常是一些打起了的奶油和肉桂粉或者可可粉其中之一。也有可能加入葵蜜饯粉在表面作为装饰并且增加风味。
有种摩卡的变种是白摩卡咖啡 (White Café Mocha)，用白巧克力代替牛奶和黑巧克力。除了白摩卡咖啡之外，还有一些变种是用两种巧克力糖浆混合，它们有时被称为“斑马”（Zebras），也有时会被滑稽地叫作“燕尾服摩卡”（Tuxedo Mocha）。
某些欧洲和中东的地方会以摩卡奇诺（Moccaccino）去形容加入了可可或者巧克力的意式拿铁咖啡。在美国摩卡奇诺就是指加入了巧克力的意式卡布奇诺。
摩卡咖啡的名字起源于位于也门的红海海边小镇摩卡。这个地方在15世纪时垄断了咖啡的出口贸易，对销往阿拉伯半岛区域的咖啡贸易影响特别大。摩卡也是一种“巧克力色”的咖啡豆（来自也门的摩卡），这让人产生了在咖啡混入巧克力的联想，并且发展出巧克力浓缩咖啡饮料。
在欧洲，“摩卡咖啡”既可能指这种饮料，也可能仅仅指用摩卡咖啡豆泡出来的咖啡。
